Mission 4

Les séquences d'ADN sont composées d'un suite de caractères A, T, C et G. Pour traiter de telles séquences en Python, le plus simple est de les manipuler comme des chaînes de caractères.

Votre objectif durant cette mission est de développer quelques fonctions permettant de traiter des séquences d'ADN stockées sous la forme de chaînes de caractères.

Toutes les fonctions doivent être écrites dans un fichier avec le nom bioinfo.py. Vérifiez pour chaque fonction que la fonction est correcte en utilisant des exemples!

1. La première fonction à écrire est la fonction is_adn(s). Elle prend comme argument une chaîne de caractères s et retourne True si la chaîne de caractères contient uniquement les caractères a, t, c ou g (à la fois en majuscules et en minuscules) et False sinon. Une chaîne de caractères vide ("") n'est pas considérée comme étant de l'ADN.

   De bons exemples à utiliser pour les tests sont ici: "acgac", "AcaA", aAaza, "".

2. La deuxième fonction à écrire est la fonction positions(s, p). Elle prend comme arguments deux chaînes de caractères s et p. Elle retourne les positions des occurences de p dans s. Par exemple, pour ACGACCG (majuscules) et cg (minuscule) le résultat doit être [1,5]. Vous ne pouvez pas utiliser la fonction find de Python.

3. La troisième fonction à écrire est baptisée distance_h. Elle calcule la distance de Hamming (http://fr.wikipedia.org/wiki/Distance_de_Hamming) entre deux chaînes de caractères de longueurs égales. En théorie de l'information, cette distance est définie comme étant le nombre de positions où les deux chaînes de caractères diffèrent. Voici quelques exemples qui devraient vous aider à mieux comprendre cette distance :

   Chaîne 1	Chaîne 2	Distance
   A	A	0
   AG	GG	1
   AG	AT	1
   ATGAC	ATGAC	0
   ATGAC	AGGAG	2
   ATGAC	TGACG	5

   Si les chaînes n'ont pas la même longueur, la fonction doit retourner None.

4. La quatrième fonction à écrire est distances_matrice(l). Étant donné une liste de chaînes de caractères, la fonction doit calculer une matrice des distances de Hamming entre toutes ces chaînes de caractères. Par exemple, pour cette liste: ["AG", "AT", "GT", "ACG", "ACT" ] la fonction doit retourner:

   [ [     0,   1,    2, None, None ],
     [     1,   0,    1, None, None ],
     [     2,   1,    0, None, None ],
     [ None, None, None, 0,    1    ],
     [ None, None, None, 1,    0    ] ]
   

   Utilisez la fonction que vous avez écrit dans l'exercice précédente.

is_adn(text)
positions(text,car)
distance_h(text1,text2)
distances_matrice(l)